Eeckhout tävlar sedan 2009 för det brittiska stallet An Post-M. Donnelly-Grant Thornton-Sean Kelly Team, men har tidigare också tävlat för Lotto-Domo och Chocolade Jacques-T Interim under många år.
Han blev professionell 1993 med det belgiska stallet Palmans-Collstrop. Snart började han att vinna mindre tävlingar såsom Kampioenschap van Vlaanderen. Under 1997 och 1999 tävlade han för Lotto, innan han gick över till Palmans under två år. När han gick över till Lotto-Adecco inför säsongen 2001 började resultaten komma och han vann elva tävlingar under den första säsongen, till exempel Dwars door Vlaanderen och GP van Steenbergen.
Under säsongerna 2002 och 2003 hade han tyngre år igen, och vid slutet av 2004 blev han tvungen att leta efter ett nytt stall då Lotto inte längre ville ha honom. Han gick över till det belgiska stallet Chocolade Jacques. Han började säsongen 2005 med att vinna Dwars door Vlaanderen. Han vann också GP d'Isbergues och en etapp på Pannes tredagars. Under 2006 fortsatte han att vinna, bland annat Driedaagse van West-Vlaanderen. I juni 2006 tog han sin största seger i karriären när han vann de belgiska nationsmästerskapen i linjelopp framför Tom Boonen och Philippe Gilbert. Under säsongen vann han 12 tävlingar och han blev segrare av UCI Europe Tour den säsongen.
I mars 2009 slutade Niko Eeckhout tvåa på Dwars door Vlaanderen bakom Kevin Van Impe. Eeckhout vann etapp 4 och 5 under Vuelta Ciclista Internacional a Extremadura. Tidigare under säsongen slutade belgaren på tionde plats under Nokere Koerse. Niko Eeckhout vann etapp 1 av FBD Insurance Rás. Senare under den irländska tävlingen slutade han tvåa på etapp 8 bakom Jaan Kirsipuu. Niko Eeckhout vann Memorial Rik Van Steenbergen, GP Briek Schotte och Zottegem - Dr Tistaertprijs i september 2009. Han slutade trea på Omloop van het Houtland bakom Graeme Brown och Robert Wagner.
