* Antal matcher och mål i seniorlag räknas endast för de inhemska ligorna och är korrekt per den 7 juni 2023. ** Antal landskamper och mål är korrekta per den 28 juni 2021.
Sissoko har maliskt ursprung. Han började sin fotbollskarriär för Red Star Paris FC. Efter att ha fått snålt med speltid i den lokala klubben US Aulnay som ligger i Aulnay-sous-Bois, flyttade han till Toulouse FC och anslöt klubbens U14-lag. Trots stort intresse från klubbar utomlands under sin tid på ungdomsakademin, skrev han sin första professionella kontrakt på tre år i januari 2007 för Toulouse.[1] Han gavs tröjnumret 22 och startade att träna med A-laget inför starten av säsongen 2007/2008 i Ligue 1.
Han gjorde sin europeiska debut i den första matchen i den tredje kvalificeringsrundan i Champions League den 15 augusti2007 mot Liverpool. Han ersätte Albin Ebondo i dem 83:e matchminuten och fick ett gult kort i den sista minuten.
Han gjorde sin ligadebut under den första matchen under säsongen 2007/2008 då han byttes in i en 1-3-förlust mot Valenciennes.[2] Efter en rad matcher började han att bli ordinarie i startelvan, då Toulouse kom en plats från nedflyttning. Han gjorde sitt första mål den säsongen i en 2-0-seger mot Auxerre på övertid.
Säsongen 2008/2009
Han var redan ordinarie i laget, inför säsongen 2008/2009, beslutade tränaren Alain Casanova att den unga mittfältaren fick spela på mittfältet med två nykomlingar i laget, dessa var Étienne Capoue från ungdomslaget och Etienne Didot, som kom från Rennes. Även om han främst användes som avbytare i början av säsongen, blev han i december ordinarie i laget och gjorde sitt första mål mot Le Mans den 7 februari2009.[3] Han gjorde även mål mot titeljagarna Bordeaux[4] och Paris Saint-Germain[5] som hjälpte ett nytt Toulouse att avsluta säsongen som 4:a, vilket betyder att klubben fick kvala till den nybildade UEFA Europa League. Sammanlagt gjorde han 40 matcher gjorde 5 mål. På grund av den stora prestationen han gjort på planen, blev han nominerad till Ligue 1 Young Player of the Year, tillsammans med lagkamraten Étienne Capoue som även gjorde en bra säsong.
Watford
Den 27 augusti 2021 värvades Sissoko av Watford, där han skrev på ett tvåårskontrakt.[6]
Nantes
Den 1 juli 2022 värvades Sissoko av Nantes, där han skrev på ett tvåårskontrakt.[7]