Marken som basen är uppförd på var en tidigare farm med tobaksodling som köptes in 1941. Flygfältet uppfördes ursprungligen med avsikt att träna marinkårssoldater i luftlandsättning från glidflygplan. Den togs i bruk 1944 och fick då namnet Marine Corps Auxiliary Airfield Camp Lejeune. Efter krigsslutet upphörde all verksamhet och flygfältet blev en ren sekundärbas till Marine Corps Air Station Cherry Point.
Basen återaktiverades 1951 under namnet Marine Corps Air Facility Peterfield Point för att året därefter byta namn till Marine Corps Air Facility New River. Från 1968 fick den sitt nuvarande namn och därefter har anläggningen varit bas för huvuddelen av marinkårens helikopterförband på USA:s östkust.[1]
Kring millennieskiftet blev MCAS New River den första flygbasen i marinkåren att härbärgera förband med tiltrotorflygplanetV-22 Osprey.