I Sverige sker forskning och undervisning i limnologi vid Institutionen för ekologi och genetik vid Uppsala universitet. Vid Lunds universitet är limnologi sedan 2010 sammanfört med marinbiologi till ämnet akvatisk ekologi, som undervisas och beforskas vid universitetets biologiska institution. Vid Sveriges lantbruksuniversitet bedrivs forskning och undervisning i limnologi vid flera institutioner, främst institutionen för akvatiska resurser (SLU Aqua), Vatten och miljö (IVM) och Vilt, fisk och miljö (VFM).