Verksamheten i Lidingö påbörjades 1908 i den nybyggda Missionsskolan, då skolan flyttades dit från lokaler på Högbergsgatan 27 på Södermalm i Stockholm. Namnet ändrades till Teologiska seminariet 1958.
År 1993 bildades Teologiska högskolan, Stockholm genom en sammanslagning av Teologiska Seminariet (före 1950 benämnd Missionsskolan) och pastorsutbildningen i Svenska Baptistsamfundet. Lidingö Folkhögskola ändrade samtidigt namn till Svenska Missionskyrkans utbildningscentrum, och utvidgades med hotell- och konferensverksamheten Lidingö Hotell & Konferens.
Konferensdelen av Svenska Missionskyrkans utbildningscentrum avvecklades i december 2013 och folkhögskoleverksamheten i anläggningen i Lidingö avslutades 2014. Sedan 2014 är Lidingö folkhögskola efter sammanslagning med Betel folkhögskola en del av Bromma folkhögskola. Fastigheten i Stockby på Lidingö, Missionsskolan 1, såldes i januari 2015 till HSB Bostad och Ikano Bostad.
