Tallqvist skrev många betydelsefulla vetenskapliga arbeten och översatte bland annat Gilgamesheposet till svenska (1954). Tallqvists förnämsta arbeten är Die Sprache der Contracte Nabu-na'ids (1890), Die assyrische Beschwörungsserie Maqlu (i Finska Vetenskapssocietetens "Acta", 1895), Arabische Sprichwörter und Spiele (i Finska Vetenskapssocietetens "Översikt", 1897), Neubabylonisches Namenbuch (samma societets "Acta", 1905), Assyrian Personal Names (1914), Old Assyrian Laws (1921) och Babylonisk-assyrisk religion (1923), varjämte han från en syriskhandskrift översatte Mallarius den store från Egypten (i Finska Vetenskapssocietetens "Översikt", 1894) och utgav en textedition av "Ibn Sa'id kitab el mugrib" (IV, i samma societets "Acta", 1899, med tysk bearbetning) och Georg August Wallins "Bref och dagboksanteckningar" (jämte levnadsteckning, 1905).