Juha Kari Kristian Merilä, född 16 juli 1965 i Raumo, är en finländsk zoolog.
Merilä avlade filosofie doktorsexamen 1996 vid Uppsala universitet, där han verkade som forskare och gästprofessor 1997–2002; han är professor i populationsbiologi vid Helsingfors universitet sedan 2001.
Merilä har publicerat ett stort antal uppmärksammade undersökningar gällande djurarters (närmast fåglars, ormars och grodors) evolutionära anpassning till olika livsmiljöer och deras genetiska bakgrund.
Källor