Johan Lilliehöök var gift tre gånger. Första gången gifter han sig 1628 med Kristina Hästehufvud, dotter till Anders Eriksson Hästehufvud.Andra gången gifte han sig den 10 juli 1632 i Stockholm med Ingeborg Bååt (1614-1635), syster till Sten Jakobsson. Ingeborg Bååt var dotter till Jakob Jakobsson Snakenborg Bååt (1580-1627) och hans maka Kerstin Tott (1575-1625). Ingeborg föddes den 3 april 1614 i Söderby och dog den 30 december 1635 i Riika. Tredje gången gifte sig Johan Lilliehöök 1638 med Kristina Ulfsparre.
Ätt
Fårdalagrenen av ätten Lilliehöök af Fårdala nr: 1 är liksom ätten Lilliehöök af Gälared och Kolbäck nr: 66 utgrenad ur en sedan 1462 känd västgötsk frälsesläkt med väpnaren och häradshövdingen i Kullings härad och Bjärke härader Bertil Persson (Pedersson) som äldste kände stamfader. Vid Riddarhusets grundande 1625 bestod släkten av tre grenar: Kolbäck, Fårdala och Gälared. Fårdalagrenen för av tradition sedan 1700-talets mitt en friherrlig krona på hjälmen.
Två bröder av den ursprungliga Fårdalagrenen, Jakob Lilliehöök (1633-1657) och Anders Lilliehöök (1635–1685) upphöjdes 1651 tack vare faderns, generalen av infanteriet Johan Lilliehöök (1598–1642) förtjänster i friherrligt stånd och introducerades 1652 under nr 13 till Lilliehöök af Fårdala. Ätten utslocknade redan 1685 med Anders Lilliehööks död.
Ingeborg Lilliehöök af Fårdala (1639-1675), friherrinna, upphöjd i friherrligt stånd 1651. Gift 23 juni 1661 med kungl. rådet, fältmarskalken, generalguvernören, friherre Göran Sperling, greve Sperling, i hans första gifte, född 1630, död 1691. Hennes barn fick 1/4-del i arvet efter morbrodern, friherre Anders Lilliehöök. Hon är begraven i Halmstads kyrka.
Berta Lilliehöök af Fårdala (1642-1676), friherrinna. Gift med sin styvfars brorson, assessor Nils Nilsson Natt och Dag i hans första gifte.