Hans föregångare, Georg Fredrik, hade reglerat arvsföljden före sin död genom husfördraget i Gera 1598, till förmån för de yngre sönerna till Johan Georg av Brandenburg. Genom fördragets bestämmelser kunde Joakim Ernst ärva Brandenburg-Ansbach, medan hans bror Kristian ärvde det angränsande furstendömet Brandenburg-Kulmbach, från denna tid även kallat Brandenburg-Bayreuth efter att residenset flyttats till Bayreuth.
Evangeliska unionen
Joakim Ernsts gravmonument i Heilsbronns klosterkyrka.
Under det tidiga 1600-talets religiösa konflikter sökte sig Joakim Ernst huvudsakligen till den protestantisk-kalvinistiska sidan, och stödde därför också Nederländernas självständighetskamp. Han deltog aktivt i uppkomsten av den protestantiska Evangeliska unionen, som grundades 1608 vid ett möte på Brandenburg-Ansbachs territorium, i det sekulariserade klostret i Auhausen nära Nördlingen. På grund av det kejserliga lägrets militära överlägsenhet kom unionen dock att lösas upp 1621, efter trettioåriga krigets utbrott. Joakim Ernst gjordes av det katolska partiet personligen medansvarig för krigsutbrottet och kom därefter att i stor utsträckning distansera sig från sina tidigare allierade.
Familj
Han gifte sig 1612 med Sofia av Solms-Laubach (1594–1651). I äktenskapet föddes följande barn:
