Jan Möller växte upp på Möllevången och började spela handboll och fotboll i Malmö FF. Den 1,94 långe Möller var en stor talang i handboll men valde fotbollen då han fick chansen i Allsvenskan och höll nollan mot Örgryte 29 oktober 1972. 1974 blev han svensk mästare för första gången. 1975 stod han för en strålande insats när Malmö mötte FC Magdeburg i Europacupen. Möller räddade fyra av fem straffar i straffläggningen och Malmö gick vidare till andra omgången.
Debut i landslaget
1978 togs han ut som reservmålvakt i VM-truppen, och debuterade i svenska landslaget först året därpå. Förbundskaptenen Åby Ericson tog ut Möller till landskampen i Tbilisi mot Sovjetunionen den 19 april 1979. Sverige förlorade med 2-0.[2]
Han hjälpte Malmö FF att nå Europacupfinalen 1979. För denna prestation tilldelades laget Svenska Dagbladets guldmedalj1979 och Jan Möller och de andra lagkamraterna tilldelades miniatyrkopior av medaljen. Möllers stora del i Europacupframgången gav honom Guldbollen 1979.
Proffs i England
Möller blev därefter proffs i engelska Bristol City vintern 1980. Malmö FF tjänade 800 000 kronor på försäljningen av Möller som blev Sveriges förste proffsmålvakt i England. Tränaren Bob Houghton hade tagit över Bristol City i andra divisionen, och ville ha Möller. Efter två säsonger i England följde Möller med tränaren Houghton, som fått sparken, till Toronto Blizzard och spelade där en säsong på konstgräs. 1984 kom Möller tillbaka till Malmö FF igen.
Återkomst i Malmö FF
MFF vann svenska cupen med Möller i laget 1984. Man besegrade Landskrona Bois i finalen med 1-0. Roy Hodgson blev ny huvudtränare i Malmö FF och Janne Möller bidrog starkt till att det blev ett serieguld under året. MFF vann Allsvenskan två poäng före Kalmar FF. I slutspelet blev man utslagna av IFK Göteborg i semifinalen. Möller blev sedan svensk mästare igen med Malmö FF 1986.
Slutet av karriären
Möller stod i sin sista landskamp 31 mars 1988 mot Västtyskland i Berlin. Det var i en 4-nations turnering, där matchen slutade 1-1, och Sverige vann efter straffsparkar, då Möller räddade Rudi Völlers straff.[4][5] Möller spelade totalt 17 A-landskamper.
Janne Möller krönte sin långa fotbollskarriär i Malmö FF med ännu ett SM-guld 1988. Först vann MFF Allsvenskan och sedan spelade de 0-0 borta mot Djurgården i finalen. Hemma på Malmö Stadion blev det ett målfyrverkeri. MFF vann med 7-3 och det blev Möllers sista match i MFF-tröjan.
Möller spelade sedan två säsonger i Helsingborgs IF, och blev utsedd till årets HIF:are 1989. Han skulle därefter avsluta karriären och fortsätta som målvaktstränare. Men istället gjorde Möller Allsvensk comeback 1992 i Trelleborgs FF som utlånad från Helsingborg. Med Möller i målet slutade Trelleborg på en tredje plats i Allsvenskan. Möller fortsatte sedan som målvaktstränare, men spelade avslutningsvis tre matcher med Helsingborg i Söderettan, innan den aktiva målvaktskarriären avslutades.