Jan Mazoch startade i skiflygnings-VM 2002 på hemmaplan i Čerťák i Harrachov och blev nummer 26. I VM 2004 i Letalnica i Planica i Slovenien arrangerades lagtävling i skidflygning för första gången. Mazoch blev nummer 9 i lagtävling tillsammans med lagkamraterna. I den individuella tävlingen slutade han på en 36:e plats.
Under Skid-VM 2003 i Val di Fiemme i Italien blev Jan Mazoch nummer 44 (i normalbacken) och nummer 48 (i stora backen) i Trampolino Giuseppe dal Ben. I lagtävlingen blev han nummer åtta. I Skid-VM 2005 i Oberstdorf i Tyskland arrangerades för första gången i VM-sammanhang två lagtävlingar. Jan Mazoch deltog i båda lagtävlingarna och blev nummer sju i lagtävlingen i normalbacken och nummer åtta i stora backen. I den individuella tävlingen i normalbacken slutade Mazoch på en 28:e plats.
Under en världscupdeltävling i stora backen (Wielka Krokiew) i Zakopane i Polen låg Jan Mazoch på en femtonde plats efter första omgången. I andra omgången föll han och blev liggande i backen. Räddningspersonal skyndade till och Mardoch fraktades till ett närliggande sjukhus. Senare samma dag transporterades han till ett sjukhus i Kraków där han placerades i ett medicinskt inducerad koma för att förhindra ytterligare skador. 22 januari fördes Mazoch ut ur koma och transporterades till Tjeckien för rehabilitering.[1] Jan Mazoch gjorde comeback i hoppbacken augusti 2007. Han tävlade i kontinentalcupen 15 september 2007 i Villach. Jan Mazoch avslutade dock sin backhoppskarriär 2008.[2]
Övrigt
Jan Mazoch är äldre bror till backhopparen Jiří Mazoch och barnbarn till tidigare storhopparen Jiří Raška.