Templet grundades år 607 efter prins Shotokus instruktioner och kallades en tid "Ikaruga-dera" (斑鳩寺). År 670 brann templet ner, men blev gradvis återuppbyggt fram till början av 700-talet. Senare blev det ett viktigt religiöst center för Hossōriktningen, från vilken det dock skilde sig 1950. Idag är Hōryū-ji huvudtempel för en egen buddhistisk skola.
