Tidigt på morgonen den 25 juni 2006 tillfångatogs Shalit vid en armépostering i Israel, belägen utmed gränsen till Gazaremsan. Palestinska milismän hade tagit sig över gränsen via en tunnel nära Kerem Shalom-övergången i södra Gazaremsan. Under attacken blev två israeliska soldater och två palestinier dödade och fyra andra skadade (inklusive Shalit).
Hamas krav var att minst 1000 palestinier som sitter i israeliska fängelser skulle släppas i utbyte mot Shalit.[1][2]
När Gilad var 11 år gammal skrev han en berättelse om en haj och en fisk som blir vänner. Berättelsen har blivit bok och lästs upp av 11-åringar i en skola i New York.[3]
Shalit utväxlades 18 oktober 2011 i utbyte mot 477 palestinska fångar. Israel hade förbundit sig att släppa ytterligare cirka 550 palestinska fångar, vilket skedde i december 2011.[4][5]