Flensburgfjorden (tyska Flensburger Förde, danska Flensborg Fjord) är en fjord eller vik av Östersjön mellan Tyskland och Danmark. Längs inne i Flensburgfjorden ligger staden Flensburg som gav viken sitt namn. Gränsen mellan Tyskland och Danmark går ungefär mitt i Flensburgfjorden.
Flensburgfjorden är mellan 40 och 50 kilometer lång och uppdelad i en inre och yttre del. Gränsen bilder halvön Holnäs vid Glücksburg. Strax öster om Geltingerbukten, som är en av Flensburgfjordens bukter, vidtar Östersjön och Kielbukten (mot söder) respektive Lilla Bält (mot norr). Största bukten är Sønderborg Bugt på danska sidan. Största städer är Flensburg och Glücksburg på tyska sidan samt Sønderborg på danska sidan. Nuvarande gränsdragningen i Flensburgfjorden mellan Tyskland och Danmark fastställdes 1921 och är ett resultat av Folkomröstningen om Slesvig som hölls 1920.
Mellan 1876 och 1963 markerade olika fyrskepp både sandbanken Kalkgrund och den östra avslutningen av Flensburgfjorden. Sedan 1963 finns här fyrtornet Kalkgrund. Andra fyrtorn längs Flensburgfjorden är fyren i Gammel Pøl, Kegnæs fyr och Holnis fyr.