Hitchcock ville återvända i tjänst i början av amerikanska inbördeskriget men först vägrades hans ansökan. Efter att Winfield Scott hade rekommenderat honom fick Hitchcock 1862 ett uppdrag som rådgivare åt krigsministern. Han befordrades till generalmajor. Han fick senare ansvaret över krigsfångarna.
Hitchcock var Rosenkreuzare. Han spelade flöjt och hans omfattande flöjtmusiksamling bevaras vid Florida State University. Han var dessutom en boksamlare med speciellt intresse för böcker som hade med alkemi att göra. Hans boksamling bevaras vid University of Missouri–St. Louis. I samlingen ingår över 250 alkemiska böcker.
Hitchcock publicerade flera verk, bland annat boken Swedenborg. a Hermetic Philosopher, 1858.
