Endast lite finns dokumenterat om Gómez tidiga liv, han föddes i Porto[3] och gick till sjöss på Portugals Indien-expeditioner.[1] Senare flyttade han till Spanien där han den 10 februari 1518[2] fick anställning vid Casa de la Contratación de Indias.[1] Senare värvades han till Magellans expedition.
Konvojen nådde Kap Virgenes den 21 oktober[6] 1520, under utforskningen av kusten upptäcktes passagen "Estrecho de Todos los Santos"[5] (Alla helgons sund, dagens Magellans sund) den 1 november. Under passagen utbröt ett myteri[3] på San Antonio. Gómez som nu var styrman[7] på fartyget överrumplade[6] kaptenen Alvaro de Mesquita[2] och fartyget lämnade konvojen den 20 november med kurs mot Spanien[6] där de anlände till Sevilla[2] den 6 maj[7] 1521.[5] Vid ankomsten fängslas hela besättningen.[3] Efter frigivningen planerade Gómez en ny expedition.
Nordamerika-expeditionen
Gómez lyckades övertala kung Carlos V att finansiera en ny expedition västerut till Kryddöarna. Den 4 september[1] 1524[3] avseglade Gómes på karavellenLa Anunciada från A Coruña.[2]
Efter uppehåll i Santiago de Cuba[1] fortsatte expeditionen norrut längs Nordamerikas kust från Florida upp Maine och ända till Cape Race[1] på Avalonhalvön. Han utforskade en rad vattenvägar (däribland[3]Fundybukten, Saint Lawrenceviken och Cabotsundet) och färdades längre norrut än någon upptäcktsresande före honom dock utan att hitta en passage till Stilla havet. Gómez återkom till A Coruña den 21 augusti[1] 1525.[3]