Byn omtalas första gången 1357, då Fullerökanonikat erhöll 2 öresland och 8 penningland jord samt en vattendrivenkvarn i Ekeby.[1] Byn innehöll redan på 1300-talet frälsejord, som tillhört flera betydande ätter, och dessa innehade även under 1400-talet kvarnen i Ekeby. Till kvarnen hörde även ett mindre sågverk (också drivet av vattenkraft, men numera rivet) samt en smedja. Kvarndriften upphörde slutgiltigt år 1986.[2]
Under 1497–1527 hade Uppsala domkyrka två lantbor i byn, men från 1528 tillhör ena gården Uppsala helgeandshus. Perioden 1540–1568 omfattar byn 3 till 4 gårdar. Kvarndriften upphörde slutgiltigt år 1986.[2]
Längs Uppsalaåsen öster om byn finns flera spridda gravfält som förmodligen är delar av ett större bygravfält (RAÄ 191 Uppsala, RAÄ 247 Uppsala och RAÄ 188 Uppsala).
