Totalt sett har Colo-Colo vunnit den inhemska ligan 33 gånger, vilket är flest gånger inom chilensk fotboll. Utöver detta har klubben, som enda chilensk fotbollsklubb, vunnit turneringen Copa Libertadores, detta år 1991.
År 2004 befann Colo-Colo sig i en stor ekonomisk kris och klubben var nära en konkurs. Men aktiebolaget "Blanco y Negro" (som ägs av den före detta fotbollsspelaren Iván Zamorano) köpte upp Colo-Colo och räddade klubben undan konkurs. Några år senare sålde Colo-Colo spelare till utländska klubbar - bland andra såldes Claudio Bravo till spanska Real Sociedad, Jorge Valdivia till brasilianska Palmeiras och Matías Fernández till spanska Villarreal.
Dessutom skrev Colo-Colo historia när man lät blott 14-årige Nicolás Millán spela mot Santiago Wanderers i A-laget. Nicolás Millán är den yngste i Chiles fotbollshistoria som har fått spela en A-lagsmatch på så hög nivå (första divisionen).
