Brunnsgatan har sitt namn efter en brunn, som förr låg i själva gatan, något väster om korsningen med Kyrkogatan.[2]
Gatan lades ut på från 1860-talet, med början på sträckan Kyrkogatan–Trädgårdsgatan. Den första byggnaden öster om Kyrkogatan var dåvarande Västra folkskolan i korsningen med Kyrkogatan, som uppfördes 1863 på mark som tidigare varit den yttre delen av Jönköpings slotts försvarsverk.
Spårvagnarna i Jönköping hade sin linjesträckning på den röda linjen på Brunnsgatan mellan Klostergatan och Barnarpsgatan från invigningen 1907 fram till 1939, då trafiken lades om för att gå Klostergatan hela vägen norrut till Västra Storgatan.[3]
Området vid Brunnsgatan på 1860- eller 1870-talet. Rester av Jönköpings slotts befästningsverk syns till vänster, gaveln på Västra folkskolan i mitten på bilden samt Brunnsgatans mynning i Kyrkogatan till höger.