Beatrice blev 1491 gift med Sforza i ett dubbelbröllop med sin bror Alfonso d’Este, som samtidigt gifte sig med Anna Sforza, syster till Gian Galeazzo Sforza. Hon var högt bildad och som värdinna för ett av de mest berömda hoven i Italien omgav hon sig med konstnärer som Niccolo da Correggio, Bernardo Castiglione, Bramante och Leonardo da Vinci. Vid sitt bröllop fick hon ett porträtt av sig själv målat av Leonardo da Vinci.
År 1492 var hon Ludovicos officiella sändebud i Venedig som ett led i en av hans intriger, som framför allt inriktade sig på att bli hertig, en titel han ännu inte formellt hade även om han var Milanos regent sedan han störtat Gian Galeazzo Sforza. Vid Gian Galeazzos död 1494 blev Ludovico även formellt Milanos hertig. Efter slaget vid Fornovo (1495) deltog Beatrice tillsammans med Ludovico i fredskongressen i Vercelli mellan Karl VIII av Frankrike och Italiens monarker; Beatrice ska under kongressen ha gett prov på stor politisk förmåga. Hon dog i barnsäng, vid 21 års ålder.
Hennes stöd och goda smak anses ha bidragit till uppförandet av flera av epokens mer berömda byggnader i Lombardiet.