Nästa expedition 1502 i samarbete med Juan de Vergara och García de Ocampo slutade i bråk och Alonso de Ojeda fängslades på Hispaniola. Efter frisläppandet blev han utnämnd till guvernör av Nya Andalusien 1508 och han återtog då expeditionen. Denna misslyckades efter stridigheter med indianer där bland andra Juan de la Cosa dog, 1510. Detta blev hans sista expedition.