Vid VM 1997 i Aten försvarade Johnson sitt guld när han vann på tiden 12,93. Efter segern kom några sämre år, exempelvis blev han utslagen i kvartsfinalen vid VM 1999 och vid Olympiska spelen 2000 i Sydney slutade han på fjärde plats.
2001 tangerade han Greg Fosters rekord när han vann sitt tredje VM-guld på 110 meter häck. Emellertid krävdes målfoto för att skilja honom från Anier Garcia som båda hade samma tid 13,04. Under 2003 vann Johnson först VM-guld inomhus på 60 meter vid VM i Birmingham och senare sitt fjärde VM-guld utomhus när han vann vid VM i Paris.
Under 2004 började han vinna sitt tredje VM-guld inomhus när han vann vid VM i Budapest. Vid Olympiska sommarspelen 2004 i Aten snubblade Johnson på en häck under kvartsfinalen och avbröt tävlingen.
Vid VM 2005 i Helsingfors lyckades han inte vinna sitt sjätte VM-guld och han slutade först trea, slagen av både Ladji Doucouré och Liu Xiang. Hans senaste mästerskap var VM inomhus 2008 där han slutade tvåa efter Xiang. I juli 2010 meddelade Johnson officiellt att han avslutar sin karriär.
