Месје је рођен у Бадонвилеу, у француској покрајини Лорена, као десето од дванаестеро деце. Шесторо његове браће и сестара је умрло у детињству, а 1741. умро му је и отац. Шарлов интерес за астрономију подстакла је појава спектакуларне велике шесторепне комете из 1744. и помрачење Сунца видљиво из његовог родног града 25. јула1748.
Године 1751. почео је да ради за Жозеф-Николаса Делила, астронома Француске морнарице, који му је рекао да пажљиво бележи сва посматрања. Месјеово прво документовано посматрање било је посматрање Меркуровог транзита6. маја1753.
