Услед НАТО агресије на Србију, 1999. године, изградња цркве је прекинута. Влада Републике Србије је одобрила средства за наставак радова за изградњу цркве. Крстове на главној куполи приложили су 2008. године Славко Стојилковић из Ваљева и Драган Новковић из села Полом код Владичиног Хана, а исте године Србољуб Стојковић из Владичиног Хана приложио је звоно. Освећење крстова и звона обавио је Епископ врањски Пахомије.
Средствима општине Владичин Хан, у току 2015. и 2016. године извршено је партерно уређење цркве, као и уређење паркинга и прилаза цркви, после чега је следило живописање унутрашњости храма.