Лебеф је професионалну каријеру започео 1988. године у Лавалу. Након три сезоне отишао је у Стразбур са којим је 1995. освојио Интертото куп. Годину дана потом купује га лондонски Челси за 2,5 милиона фунти.
У Челсију је одиграо преко 200 утакмица у свим такмичењима и постигао 24 поготка. Готово све поготке за Челси је постигао кроз једанаестерце. Промашио је свега три пута: против Лестера, Блекбурна и ротердамског Фајенорда. Са клубом је освојио два ФА купа и по један Лига куп, Комјунити шилд и Суперкуп Европе.[1]
Године 2001. Лебеф се враћа у родни Марсељ где потписује за тамошњи Олимпик. После две године играња за клуб, Франк одлази у Катар где је наступао за Ал-Сад и Ал-Вакру након чега је 2004. завршио играчку каријеру.
Током Мундијала у Француској 1998, играча је селектор Жаке углавном користио као резерву док је у самом финалу био у првих једанаест као замена за Лорана Блана који је у пређашњој утакмици добио црвени картон. Лебеф је у финалу чувао Роналда те се истакао одличним одбрамбеним карактеристикама.
Због успеха оствареног 1998. Лебефу је заједно са репрезентативцима и селектором Жакеом додељен ред витеза француске Легије части.[2]