У склопу припрема за напад на Пољску и могућег рата са Великом Британијом и Француском, подморница У-27 напушта базу Вилхелмсхафен23. августа1939. и одлази у правцу северног Атлантика, где је 3. септембра отпочела своје ратно дејство. У 14:55 часова, 13. септембра 1939. године, откривен је британски рибарски брод Davara (заповедник Бојлес) и потопљен топовском ватром од подморнице У-27, на око 21 наутичких миља северозападно од острва Тори. Након нешто више од 5 сати, заповедника и 11 чланова посаде спасава британски трговачки брод Willowpool.
У 15:53 сати, 16. септембра 1939. године, британски рибарски брод Rudyard Kipling је потопљен од немачке подморнице У-27, на око 100 наутичких миља, западно од Донегала, Ирска. Немци сакупљају бродоломнике на палубу, дају им храну и суву одећу, а њихове чамце за спасавање везују и вуку ка копну. Након 8 сати пловидбе, посада британског брода је укрцана на чамце за спасавање, на свега 5 наутичких миља од ирске обале. Четири дана касније, 20. септембра 1939. године, западно од Шкотске, подморница У-27 је откривена и гађана дубинским бомбама од британских разарача HMS Fortune and HMS Forester. Посада немачке подморнице, успева да изрони са тешко оштећеном подморницон, и свих 38 члана посаде, успева да напусти подморницу, пре него што је потонула. Подморница У-27 је била друга изгубљена немачка подморница у Другом светском рату.