Куп СР Југославије у фудбалу 1998/99. била је седма сезона годишњег националног фудбалског купа Савезне Републике Југославије. Бранилац титулe био је београдски Партизан, док је нови-стари шампион Црвена звезда.
Godišnjak Fudbalskog saveza Jugoslavije 1999–00 [Yearbook of the Football Association of Yugoslavia 1999–00]. Football Association of Yugoslavia. 2000.