Proteom je celokupan set proteina izraženih genomom, ćelijom, tkivom ili organizmom. Specifično, on je set proteina koji izražava specifični tip ćelija ili organizma u datom vremenu pod definisanim uslovima. Termin je formiran iz reči proteini i genom.
[1][2]
Proteom ima najmanje dva nivoa kompleksnosti koji nedostaju genomu. Dok genom definiše sekvenca nukleotida, proteom nije ograničen sumom prisutnih sekvenci proteina. Poznavanje proteoma zahteva poznavanje (1) strukture proteina u proteomu i (2) funkcionalnih interakcija između proteina.