Peptidna deformilaza

Peptidna deformilaza
Identifikatori
EC broj	3.5.1.88
CAS broj	369636-51-1
Baze podataka
IntEnz	IntEnz pregled
BRENDA	BRENDA pristup
ExPASy	NiceZyme pregled
KEGG	KEGG pristup
MetaCyc	metabolički put
PRIAM	profil
Strukture PBP	RCSB PDB PDBe PDBj PDBsum
Pretraga PMC članci PubMed članci NCBI proteini

Peptidna deformilaza (EC 3.5.1.88, Peptide deformylase) je enzim sa sistematskim imenom formil-L-metionil peptid amidohidrolaza.^{[1][2][3][4][5][6][7][8][9][10][11][12]} Ovaj enzim katalizuje sledeću hemijsku reakciju

formil-L-metionil peptid + H₂O ${\displaystyle \rightleftharpoons }$ format + metionil peptid

Za dejstvo ovog enzima je neophodno prisustvo Fe(II).

Reference

1. Adams, J.M. (1968). „On the release of the formyl group from nascent protein”. J. Mol. Biol. 33: 571—589. PMID 4973445. 
2. Mazel, D., Pochet, S. and Marliere, P. (1994). „Genetic characterization of polypeptide deformylase, a distinctive enzyme of eubacterial translation”. EMBO J. 13: 914—923. PMID 8112305. CS1 одржавање: Вишеструка имена: списак аутора (веза)
3. Chan, M.K., Gong, W., Rajagopalan, P.T.R., Hao, B., Tsai, C.M. and Pei, D. (1997). „Crystal structure of the Escherichia coli peptide deformylase”. Biochemistry. 36: 13904—13909. PMID 9374869. CS1 одржавање: Вишеструка имена: списак аутора (веза)
4. Becker, A., Schlichting, I., Kabsch, W., Schultz, S. and Wagner, A.F.V. (1998). „Structure of peptide deformylase and identification of the substrate binding site”. J. Biol. Chem. 273: 11413—11416. PMID 9565550. CS1 одржавање: Вишеструка имена: списак аутора (веза)
5. Becker, A., Schlichting, I., Kabsch, W., Groche, D., Schultz, S. and Wagner, A.F. (1998). „Iron center, substrate recognition, and mechanism of peptide deformylase”. Nat. Struct. Biol. 5: 1053—1058. PMID 9846875. CS1 одржавање: Вишеструка имена: списак аутора (веза)
6. Rajagopalan, P.T.R., Yu, X.C. and Pei, D. (1997). „Peptide deformylase: a new type of mononuclear iron protein”. J. Am. Chem. Soc. 119: 12418—12419. CS1 одржавање: Вишеструка имена: списак аутора (веза)
7. Groche, D., Becker, A., Schlichting, I., Kabsch, W., Schultz, S. and Wagner, A.F.V. (1998). „Isolation and crystallization of functionally competent Escherichia coli peptide deformylase forms containing either iron or nickel in the active site”. Biochem. Biophys. Res. Commun. 246: 342—346. PMID 9610360. CS1 одржавање: Вишеструка имена: списак аутора (веза)
8. Rajagopalan, P.T.R., Grimme, S. and Pei, D. (2000). „Characterization of cobalt(II)-substituted peptide deformylase: function of the metal ion and the catalytic residue Glu-133”. Biochemistry. 39: 779—790. PMID 10651644. CS1 одржавање: Вишеструка имена: списак аутора (веза)
9. Hu, Y.J., Wei, Y., Zhou, Y., Rajagopalan, P.T.R. and Pei, D. (1999). „Determination of substrate specificity for peptide deformylase through the screening of a combinatorial peptide library”. Biochemistry. 38: 643—650. PMID 9888804. CS1 одржавање: Вишеструка имена: списак аутора (веза)
10. Ragasu, S., Mouchet, P., Lazennec, C., Dive, V. and Meinnel, T. (1999). „Substrate recognition and selectivity of peptide deformylase. Similarities and differences with metzincins and thermolysin”. J. Mol. Biol. 289: 1445—1457. PMID 10373378. CS1 одржавање: Вишеструка имена: списак аутора (веза)
11. Giglione, C., Pierre, M. and Meinnel, T. (2000). „Peptide deformylase as a target for new generation, broad spectrum antimicrobial agents”. Mol. Microbiol. 36: 1197—1205. PMID 10931273. CS1 одржавање: Вишеструка имена: списак аутора (веза)
12. Pei, D. (2001). „Peptide deformylase: a target for novel antibiotics?”. Emerging Therapeutic Targets. 5: 23—40. PMID 15992166. 

Literatura

• Nicholas C. Price; Lewis Stevens (1999). Fundamentals of Enzymology: The Cell and Molecular Biology of Catalytic Proteins (Third изд.). USA: Oxford University Press. ISBN 019850229X. 
• Eric J. Toone (2006). Advances in Enzymology and Related Areas of Molecular Biology, Protein Evolution (Volume 75 изд.). Wiley-Interscience. ISBN 0471205036. 
• Branden C; Tooze J. Introduction to Protein Structure. New York, NY: Garland Publishing. ISBN 0-8153-2305-0. 
• Irwin H. Segel. Enzyme Kinetics: Behavior and Analysis of Rapid Equilibrium and Steady-State Enzyme Systems (Book 44 изд.). Wiley Classics Library. ISBN 0471303097. 

Spoljašnje veze

• Peptide+deformylase на US National Library of Medicine Medical Subject Headings (MeSH)