Репрезентација Екваторијалне Гвинеје је своју прву утакмицу одиграла 23. марта 1975. године против Кине. Поражена је са 6-2. До 1984. године није одиграла ни једну утакмицу. Први наступ у квалификацијама за Афрички куп нација репрезентација Екваторијалне Гвинеје имала је 1988. године. У прелиминарној рунди је играла против Анголе. Поражена је са 4-1. До прве побједе у историји репрезентација Екваторијалне Гвинеје долази 1999. године, када је са 4-2 била боља од Централноафричке Републике. Први пут у квалификацијама за Светско првенство у фудбалу је играла 9. априла 2000. године против репрезентације Републике Конго. Поражена је на домаћем терену са 3-1. У реваншу 23. априла 2000. године поново бива поражена, овај пут са 2-1.
У квалификацијама за Светско првенство 2006. године поново испада у првој рунди овај пут од репрезентације Тога са укупних 2-1. У наредним квалификацијама је играла груну фазу, међутим заузела је последње место са три освојена бода.
Екваторијална Гвинеја је била домаћин Афричког купа нација 2012. године, што је значило да ће фудбалска репрезентација те земље по први пут наступати на завршном турниру. Екваторијална Гвинеја је била у групи са Замбијом, Либијом и Сенегалом. У првом мечу је победила Либију са 1-0, да би потом са 2-1 била боља од Сенегала. У трећем колу је поражена од Замбије са 3-0. Заузела је друго место са шест освојених бодова. У четвртфиналу је играла против Обале Слоноваче, али је поражена са 3-0.
Као домаћини Афричког купа нација 2015. остварили су до сада најбољи пласман. Групну фазу су завршили на другом месту са једном победом и два нерешена резултата, а у четвртфиналу су победили Тунис након продужетака, да би у полуфинале су изгубили са 3:0 од Гане. У борби за треће место на пеналима су изгубили од ДР Конга.
