Клуб је основан 1990. године. Тренутно игра у највишој лиги естонског фудбала (ест.Meistriliiga). Своје утакмице Флора игра на стадиону А. Ле Кок Арена у Талину.
Флора је најтрофејнији естонски клуб, вишеструки је освајач првенства и купа Естоније. Тим је познат по доброј омладинској школи, многи играчи касније одлазе да играју у иностранство. За Флору су играли Сергеј Ратников, један од најбољих естонских фудбалера у последњих 50 година, тренер голмана Арсенала Март Пом, голгетер и капитен фудбалске репрезентације Естоније Андрес Опер и Раио Пироја, дефанзивац АЗ Алкмара Рагнар Клаван и многи други.
Највећи успех у европским такмичењима су остварили пласманом у групну фазу Лиге конференције у сезони 2021/22, победом у плеј-офу против екипе Шамрок роверси. Један од надимака клуба је „кактуси”.[2]
