За репрезентацију Хрватске Рапаић је дебитовао 1994. године у пријатељској утакмици против Словачке. Играо је на Светском првенству 2002. и на Европском првенству 2004. На Светском првенству 2002. је постигао гол у победи против Италије 2:1, а на Европском првенству је постигао гол против Француске у ремију 2:2. За репрезентацију је одиграо 49 утакмица и постигао 6 голова.