Есјен је каријеру почео у клубу Либерти из Гане. Након наступа за репрезентацију за играче млађе од 17 година 1999. године привукао је пажњу многих европских клубова међу којима је био и Манчестер јунајтед који га је довео на пробу у априлу 2000. јула 2000. Есјен се 2000. године сели у Француску и постаје члан Бастије. У почетку није био у првом плану, међутим, честе повреде играча који су играли у одбрани и на средини терена обезбедиле су му место у тиму. Након неколико одличних партија француска јавност га је упоређивала са Патриком Вијером. Есјен је провео три сезоне у клубу пре пласирања у УЕФА куп где је Микаел био један од најбољих играча те сезоне у којој је постигао 6 голова. Убрзо потом су му уследиле понуде од Пари Сен Жермена, Олимпик Лиона и Олимпик Марсеља. Есјен је убрзо прихватио понуду Лиона која је износила 7,8 милиона евра. Са клубом је освојио Лигу 1 две сезоне узастопно (2004, 2005.) и био је изабран за најбољег играча Првенства Француске 2005. године. Есјен је 14. августа 2005. потписао уговор са Челсијем вредан 24,4 милиона евра, када је, у то време, био најскупљи афрички фудбалер у историји. Дебитовао је 21. августа против Арсенала. Са Челсијем је освојио Премијер лигу 2006. и 2010. и три ФА купа и Лига куп 2007. године. У сезони 2006/07. био је изабран за најбољег играча Челсија те сезоне, док је његов гол против Арсенала проглашен за најлепши гол Челсија у истој сезони. (снимак гола) У Челсију је био до краја 2013. године.
