Матка је смештено у северном делу Северне Македоније. Од најближег већег града, Скопља, насеље је удаљено 16 km западно.
Насеље Матка је на југозападном ободу историјске области Скопско поље, која се поклапа са пространом Скопском котлином. Поред насеља протиче река Треска, која на датом месту истиче из истоимене Матковске клисуре. Источно од насеља издиже се планина Водно, док се југозападно издиже Сува гора. Надморска висина насеља је приближно 480 метара.