После смрти Валдемара IV Данског 1375. Маргарета осигурава да њен син Улав IV буде изабран као краљ Данске. Током 1380, Улав IV наслеђује норвешки престо и полагање права на шведски престо. Маргарета је као регент у име Улава владала Данском и Норвешком.
Маргарета се показала своје државничке способности враћајући Шлезвиг у дански посед. Претходно су Шлесвиг држали грофови Холштајна. Маргарета им 1386. враћа Шлезвиг, али под веома тешким условима. По том споразуму грофови Холштајна више нису смели да пружају уточиште побуњеничким јиландским племићима. Маргарета се после тога своју активност сконцентрисала на Шведску, где је племство устало против непопуларног краља Алберта Мекленбурга.[3][4]
Владар Шведске и Стокхолма
У марту 1388. одржана је конференција у замку Далаборг, на којој су Швеђани прихватили Маргаретине захтеве и изабрали је као владара и сложили се да прихвате сваког краља, кога Маргарета одабере. Алберт од Мекленбурга је кренуо са плаћеничком војском, али поражен је и заробљен 24. фебруарa1389. Маргарета је тиме постала владар са три краљевства.
Стокхолм је тада био готово потпуно немачки град и није се предавао Страх од Маргарете I Данске увлачи и Ханзу у рат. По споразуму из Линдхолма 1395, Маргарета је била дужна да ослободи Алберта од Мекленбурга, под условом да Алберт плати 60.000 марака у року од три године.
Ханза је за то време држала Стокхолм. Пошто Алберт није платио 60.000 марака на време Ханза је Маргарети предала Стокхолм. Заузврат Ханза је добила бројне трговачке привилегије.
Калмарска унија 1397.
Калмарска унија почетком 16. века
Маргарета је 1389. прогласила свог нећака Ерика Померанског краљем Норвешке. Свечано клањање будућем владару спроведено је 1396. у Данској и Шведској. Маргарета је задржала статус регента до Ерикова пунолетства. Да би уједињена краљевства још више ујединила Маргарета је сазвала три Калмарска савета током 1397. Створена унија три краљевства се назива Калмарска Унија. Ерик Померански је свечано проглашен краљем Шведске, Норвешке и Данске. Процес уједињења није спроведен онако како се надала Маргарета Данска. Скупштине три краљевине су захтевале да свака земља задржи ексклузивно право на своје територије, своје законе и обичаје и да управљају њихови властити службеници. Због тога процес уједињења није довео до потпуног стапања Скандинавије у једну државу.[5]
Неколико година након проглашења Калмарске уније, Ерик је постао пунолетан краљ, али Маргарета Данска је остала током свог живота прави владар Скандинавије.
Пошто је то била несигурна унија Маргарета Данска је толерисала присуство службеника из сва три краљевства. Норвешка и Шведска су третиране као интегрални део данске државе.
Реформе и куповина територија
Саркофаг Маргарете Данске у катедрали Роскилд у Копенхагену
Маргарета је повратила стотине феуда под власт круне. Били су то феуди, који су отуђени током власти Валдемара IV. Реформисала је данску валуту. Заменила је сребрени новац бакарним, чиме је прикупила огромну количину сребра за краљевску ризницу. Значајан део блага је трошила за милостињу.
Откупила је острво Готланд од Алберта Мекленнбурга и Ливонијанског реда. Велики део Шлесвига је добила на исти начин. Суздржавала се од ступања у савезе, водећи највећим делом политику неутралности.[6]
Смрт
Умрла је 28. октобра1412. Њен саркофаг је у катедрали Роскилд у Копенхагену. Оставила је имање катедрали под условом да се у катедрали за њу редовно држе мисе. У дан данас у тој катедрали два пута дневно оглашава се звоно за краљицу Маргарету Данску.
