Од самог оснивања, компанију „Ер Монтенегро” су пратили изазови и проблеми. Много првобитно планираних целогодишњих авио-линија су постале сезонске или чак отказане. Од почетка 2022. године услед ратних операција између Русије и Украјине осетно се смањио број путника из ових држава, а који су раније имали значајан удео међу превезеним путницима на линијама до и од Црне Горе. Даље, компанија је тек после две године од оснивања постала чланица ИАТА, што је кључно за добијање одговарајућег кода за међународни саобраћај[10]. Надзорни орган компаније је у септембру 2023. године забранио Влади Црне Горе да купи трећи авион за „Ер Монтенегро”[11].
„Ер Монтенегро” је средином 2023. године објавио захтев за израду петогодишње стратегије развоја[12].
Дестинације
Дестинације 2023. године су (* сезонска дестинација)[13][14]:
