Станојевић је рођен у Београду, на Лиону.[2] Прошао је све млађе категорије Партизана од 1988. до 1993. године. Након тога игра у Обилићу са којим је 1995. (као капитен) играо у финалу Купа СР Југославије против Црвенe звездe. После тога је прешао у Мајорку, где је одиграо једну сезону, пре него што се 1996. вратио у Обилић.
Наредне 1997. године прелази у ОФК Београд, где је остао две сезоне. Током 1999. се враћа у Партизан, где је претходно играо у млађим категоријама, а са црно-белима је освојио национални куп 2001. године. За први тим је одиграо 116 утакмица и постигао један гол. Сезону 2001/02. провео је у ОФК Београду, а 2002. одлази у мађарски Видеотон, где и завршава играчку каријеру 2003. године.
Тренерска каријера
Почеци
Тренерску каријеру, Станојевић је почео у ОФК Београду где је био помоћник шефа струке а поред тога је тренирао и млађе категорије. Након тога је наставио тренерску каријеру у Срему из Сремске Митровице као шеф стручног штаба. Године 2007. долази у Партизан, тада као асистент Мирославу Ђукићу.
Станојевић је Ђукићу био помоћник и у сениорској репрезентацији Србије, а после тога је остао при ФСС и поверено му је место селектора омладинске селекције за играче млађе од 19 година. Станојевић је са селекцијом Србије до 19. година на Европском првенству у Украјини освојио треће место уз две победе (Шпанија 2:1, Турска 1:0), један реми (Француска 1:1) и један пораз (Украјина 3:1).[3]
Партизан
Станојевић је 16. априла 2010. именован за новог тренера Партизана, наследивши на том месту Горана Стевановића који је претходно поднео оставку.[4] Успео је да надокнади бодовни минус у односу на Црвену звезду и освоји титулу шампиона Србије на крају сезоне 2009/10.[5] Станојевић је потом у квалификацијама за ЛШ елиминисао Пјуник, Хелсинки и Андерлехт, чиме је увео Партизан у групну фазу Лиге шампиона и постао први српски тренер којем је то пошло за руком.[5] У групи са Арсеналом, Шахтјором и Брагом, Партизан је заузео последње место са свих шест пораза.[6]
У сезони 2010/11. водио је Партизан до освајања "дупле круне".[7] Крајем маја 2011. године Станојевић је потписао нови, двогодишњи уговор са клубом.[8] Иако је имао успеха на домаћој сцени, Партизан у сезони 2011/12. није поновио резултат у европским такмичењима. Испао је у 3. колу квалификација за Лигу шампиона од Генка,[9] а потом је претрпео шокантан пораз од ирског Шамрока у плеј-офу за пласман у групну фазу Лиге Европе.[10] У септембру је управа сменила Станојевића са места тренера, али га је врло брзо вратила на то место.[5] Партизан је успео да преброди кризу после елиминације од Шамрока и да поново успостави доминацију у српској лиги. Јесен је завршио са 10 бодова предности над Црвеном звездом.[5]
Одмах после јесењег дела сезоне, у Партизану су се догодили велики потреси. Младен Крстајић, тада спортски директор, јавно је иступио и одговорио на критике председника клуба Драгана Ђурића на рачун спортског дела клуба.[11] Управа је потом сменила Крстајића,[12] а Станојевић је због те одлуке поручио да је "бивши тренер" и да се неће враћати на клупу црно-белих.[13] Ипак убрзо се предомислио и одлучио да остане на клупи,[14] али је клуб одлучио да га смени 13. јануара 2012. и на његово место постави Аврама Гранта.[15]
За нешто мање од две године у клубу, Станојевић је забележио тек три пораза у првенству.[16] Водио је црно-беле на шест вечитих дербија, остварио је пет победа уз само један пораз, али тај пораз био је онај који није имао значење - 1:0 у реваншу полуфинала Купа 2011. када је Партизан имао 2:0 из првог меча. Први дерби у ком је Станојевић славио је био онај у Хумској у финишу 2009/10. сезоне (1:0) голом Петровића. Потом је на јесен 2010. савладао црвено-беле 1:0 на Маракани, голом Мореире. Уследили су поменути двомечи у Купу, па победе у првенству 2011. године - 1:0 код куће голом Тејга и 2:0 на страни головима Вукића и Шћеповића.[16]
Иностранство
Почетком априла 2012. године је постављен за тренера кинеског Далијена.[17] Станојевић је клуб преузео кад је био у зони испадања (0-3-1), а на крају Суперлиге Кине недостајао је један бод за пласман у азијску Лигу шампиона. Станојевић је довео Далијен до петог места, а док је он био тренер клуб је имао скор 11-8-7. Ипак и поред добрих резултата, неочекивано је поднео оставку у новембру 2012.[18]
У децембру 2012. је преузео кинеског суперлигаша Пекинг Гуан.[19] Пекинг је под вођством Станојевића освојио треће место у Суперлиги Кине. Добри резултати и дупле првенствене победе над Антићевим Шандонгом (3:1, 3:0), један реми са Гвангжуом Марчела Липија (1:1) и убедљива победа над екипом Свен Горана Ериксона (Гвангжу Р&Ф, 6:0) задовољили су челнике клуб због чега је половином септембра 2013. Станојевић продужио уговор до децембра 2015.[20] А онда је уследио пораз у финалу кинеског ФА купа, од Гвангжуа (троструки узастопни првак, освајач Лиге шампиона), мада ни тих 0:1 и 1:6 нису крајем новембра утицали на промену планова руководилаца, који су са Станојевићем договорили план припрема и појачања за наредну сезону. Ипак у децембру 2013. клуб је изненађујуће уручио отказ Станојевићу.[20]
Дана 25. априла 2014, Станојевић је постављен за тренера израелског прволигаша Макаби Хаифе.[21] На клупи Макабија се задржао до 28. децембра исте године, када је поднео оставку након слабијих резултата. Станојевић је током јесењег дела сезоне 2014/15. претрпео осам пораза у 15 мечева. У моменту његове оставке клуб је био четврти на табели, са 19 бодова, 13 бодова иза водећег Хапоел Хиријата Шмоне.[22]
Станојевић је 12. јануара 2015. године преузео кинеског друголигаша Пекинг Ентерпрајз.[23] Није успео да уведе Пекинг у Суперлигу Кине, па је у децембру 2016. напустио клуб.[24]
Дана 16. јуна 2017. Станојевић је постављен за тренера ПАОК-а из Солуна, са којим је потписао трогодишњи уговор.[25] Ипак на клупи ПАОК-а се задржао само до 11. августа исте године. Станојевић је напустио кормило клуба из Солуна после само 56 дана и после само две такмичарске утакмице. Српски тренер је обезбедио пролаз у плеј-оф рунду квалификација за Лигу Европе пошто је био бољи од Олимпика из Доњецка.[26] Ипак челници ПАОК-а нису били задовољни начином на који Станојевић води екипу, па су му уручили отказ.[27]
Станојевић је 24. маја 2018. године представљен као нови тренер Ал Кадисије, клуба из Саудијске Арабије.[28] На клупи овог клуба се задржао до 5. новембра исте године, када је добио отказ након шест везаних пораза.[29]
У децембру 2018. године, Станојевић је преузео кинеског суперлигаша Пекинг Рене.[30] На клупи кинеског клуба се задржао до 9. јула 2019. када је поднео оставку, из личних разлога, како стоји у саопштењу клуба. До прекида сарадње је дошло после серије од четири узастопна пораза, коју су обележила и два везана неуспеха на домаћем терену, против Далијана (1:3) и Шандонга (0:2). Станојевић је као тренер Пекинга на 18 утакмица забележио 12 пораза.[31]
Повратак у Партизан
Станојевић је 1. септембра 2020, по други пут у каријери постављен за тренера Партизана.[32] Са Партизаном је успео да се пласира у премијерно издање европског клупског такмичења Лигу конференције, победом у плеј-офу против португалске екипе Санта Клара (сезона 2021/22).[33] У првом делу сезоне 2021/2022 Станојевић је водио тим који је постигао најбољи резултат у првенству Србије у историји клуба са 19 победа и 2 ремија без пораза, стигао до првог места у првенству Србије, са највише постигнутих (57) и најмање примљених голова (6) и 5 бодова предности у односу на другопласирану Црвену звезду. У Лиги конференције Партизан је заузео друго место у групи и пласирао се у шеснаестину финала такмичења.
Александар Станојевић се по трећи пут вратио у Партизан у јуну 2024. године и на клупи црно-белих остао је све до краја септембра месеца 2024. године и 174. Вечитог дербија у којем је Партизан изгубио са 4:0 од вечитог ривала Црвене Звезде, након чега је Сале Станојевић поднео оставку на место шефа стручног штаба.[34]