Muzeu i Qytetit të Shkupit ( Macedonian: Muzej na Grad Skopje) është një institucion kulturor i cili ndodhet në Shkup, Maqedoni Veriore . Muzeu është themeluar në vitin 1949, ndodhet në ndërtesën e ish Stacionit Hekurudhor që u shkatërrua pjesërisht në tërmetin e vitit 1963 . Muzeu është shtëpia e ekspozitave të përhershme që përfaqësojnë historinë e Shkupit, nga vendbanimet e para të regjistruara rreth 3000 p.e.s.