Bakteriet u vëzhguan në fillim nga Anton van Leeuwenhoek, në vitin 1676 me anën e një mikroskopi njëlentësh të cilin ai e ndërtoi vetë. Emri "bakterium" hyri shumë më vonë në përdorim, nga Christian Ehrenberg në vitin 1828, fjalë që rrjedh nga greqishtja βακτηριον, vaktirion - "shkop i vogël, thupër".
Nëndegët e mikrobiologjisë
Fusha e mikrobiologjisë mund të ndahet përgjithësisht në disa nëndegë :
Mikrobiologjia gjenetike : studion se si janë të organizuar genet tek mikrobet në lidhje me funksionet e tyre qelizore. Lidhet ngushte me biologjinë molekulare.
Mikrobiologjia mjekësore ose medicinale: studion rolin e mikrobeve ne sëmundjet e njeriut. Ajo përfshin studimin e patogjenezës mikrobiologjike dhe epidemiologjine dhe ka lidhje me studimin e sëmundjeve patologjike dhe imunologjike.
Mikrobiologjia veterinare: studion rolin e mikrobeve ne medicinën (mjekësinë) veterinare.
Mikrobiologjia zhvilluese : studion zhvillimin e mikrobeve. Përfshin sistematiken bakteriale dhe taksonominë.
Mikrobiologjia industriale: shfrytëzon mikrobet për përdorim ne ecuritë (proceset) industriale. Këtu hyjnë tharmëtimi industrial dhe trajtimin e ujërave të zeza. Lidhet ngushte me bioteknologjine industriale. Kjo fushe përfshin gjithashtu prodhimin e birrës, një zbatim i rëndësishëm i mikrobiologjisë.
Aeromikrobiologjia: studion mikroorganizmat e ajrit.
Mikrobiologjia ushqimore: studion mikrobet qe shkaktojnë prishjen e ushqimeve.
Mikrobiologjia farmaceutike: studion mikrobet qe shkaktojnë ndotjen dhe prishjen farmaceutike.
