Ngjyrat tradicionale të tokave çeke e kanë origjinën nga një stemë e vitit 1192 (që përshkruan një luan të shfrenuar me një bisht të dyfishtë argjendi në një fushë të kuqe).
Pas krijimit të një Çekosllovakie të pavarur më 1918, vendi kishte përdorur flamurin kuq e bardhë të Bohemisë, identik me flamurin polak. Pas thirrjeve për miratimin e një flamuri të ri nga shteti i ri, një komitet zgjodhi një dizajn nga Jaroslav Kursa, një arkivist në Ministrinë e Brendshme Çekosllovake.[1] Dizajni i tij përfshinte vijat horizontale të kuqe dhe të bardha që rrjedhin nga stema e Bohemisë dhe shtoi një chevron blu të zgjatur në gjysmë të rrugës për ta bërë modelin e ri më të ndikuar nga flamuri i Filipineve që nga viti 1920.
Gjatë negociatave të vitit 1992 për ndarjen e Çekosllovakisë, një klauzolë që ndalonte përdorimin e simboleve shtetërore të Çekosllovakisë nga secili shtet pasardhës u fut në legjislacionin në lidhje me shpërbërjen e federatës.[4][5] Megjithatë, Republika Çeke e mbajti përdorimin e flamurit.[6][7]
