Nekdanje kmečko, danes pa povsem urbanizirano naselje leži na nizkem prevalu med Kaštelirjem (244 m) na zahodu in Tinjanom (374 m) na vzhodu, imenovanem tudi Škofijski prag.
Po od 50 do 200 metrov širokem pasu so bile (oziroma so) speljane avtocesta, »stara cesta« in ozkotirna železniška proga Porečanka, ukinjena leta 1935. Avtocesta je bila zgrajena pred nekaj leti, stara cesta pa ima zagotovo zametke v prazgodovini, saj so jo varovala gradišča na obeh okoliških vzpetinah. Ob tej starodavni cesti, ki je povezovala Trst in Koper, se je razvilo naselje, ki obsega tudi okoliške zaselke Buža, Forteca, Moretini, Reber in Risoti ter Valmarin ob reki Rižani. Višje proti vzhodu ležijo Zgornje Škofije, ki so samostojno naselje.
Zgodovina
Iz časov Rimskega cesarstva so pri (sedanjih Hrvatinih), v Božičih, ohranjeni ostanki obcestnega gradišča, iz katerega so nadzirali promet na rimski cesti, ki je skozi Škofijski prag povezovala Trst (Tergeste) z mesti v Istri. Prvo zgodovinsko poročilo o tej cestni povezavi sega v leti 78 in 79 našega štetja, ko je rimski cesar Vespazijan dal zgraditi cesto od Trsta do Pulja. Dokončal jo je njegov sin in po njunem rodbinskem imenu je dobila ime Via Flavia. Verjetno prav njej pripadajo leta 2002 najdeni ostanki cestnega tlaka na ankaranskem križišču Bivje (Bivio). Za časa Beneške republike jo je dal leta 1775 s sredstvi iz javnih financ obnoviti koprskipodeštat Pietro Dolphino, zato je dobila ime Strada Dolphina, na kar spominja odlomek stebra z napisom, ki stoji ob cerkvenem zvoniku v Spodnjih Škofijah.
Angleško-ameriška administracija je upravljala njegov severni del (cono A), ki je obsegala Trst z okolico in železniško progo Trst-Gorica. Cona B, ki je obsegala severni del Istre, od Plavij vse do reke Mirne, je bila pod jugoslovansko vojaško upravo. Z londonskim memorandumom iz leta 1954 je STO prenehalo obstajati, cona B pa je bila priključena Jugoslaviji. Dokončno je bila meja med Italijo in Jugoslavijo potrjena z osimskim sporazumom, ki sta ga podpisali Socialistična federativna republika Jugoslavija in Republika Italija 10. novembra 1975 v italijanskem mestu Osimo.
Meja med Italijo in Jugoslavijo je za dolgo vrsto let neživljenjsko ločila prebivalce nekdaj enotnih zaselkov v okolici.
Spodnje Škofije danes
Spodnje Škofije so samostojno naselje od leta 1961, pred tem je bil kraj del Plavja.
Spodnje Škofije je najbolj zaznamovala obmejna lega, zato je v naselju delovalo več gostiln, trgovin in agencij, razvita je bila tudi obrt.
Nekdanje kmečko naselje, kjer so od nekdaj pridelovali zgodnje vrtnine, se ukvarjali z vinogradništvom in oljkarstvom, je danes povsem urbanizirano. V jedru večinoma obcestnega naselja stoji župnijskacerkev Srca Jezusovega.