Svoj začetek ima v Botaničnem in Zoološkem inštitutu leta 1919 ustanovljene Filozofske fakultete, pod okrilje botaničnega inštituta pa je takrat prešel še starejši botanični vrt v Ljubljani. Leta 1947 so ustanovili tudi antropološki inštitut. Tako je nastal biološki oddelek, ki je deloval znotraj takratne Prirodoslovno-matematično-filozofske fakultete, v okviru tega pa sta kmalu začeli delovati še skupini za rastlinsko in živalsko fiziologijo. Od Prirodoslovno-matematično-filozofske fakultete je po nekaj letih organizacijskih sprememb ostala Naravoslovna fakulteta, ko pa se je leta 1960 tudi ta preoblikovala, so Oddelek za biologijo pripojili takratni Fakulteti za agronomijo, gozdarstvo in veterinarstvo. Ta se je leto kasneje preimenovala v Biotehniško fakulteto, del katere je Oddelek še danes.
Oddelek za biologijo je dolga leta doživljal prostorsko stisko, saj so bili zaradi razvoja novih disciplin in ustanavljanja novih raziskovalnih skupin skupni prostori z Inštitutom za biologijo Univerze premajhni. Leta 1993 se je skupaj z Inštitutom, ki se je medtem preimenoval v Nacionalni inštitut za biologijo, preselil v novozgrajeno biološko središče na Večni poti, leta 2023 pa se je Nacionalni inštitut za biologijo preselil v novozgrajeno sosednje Biotehnološko stičišče.
Organizacija
Pedagoško in raziskovalno delo na Oddelku za biologijo je organizirano v sklopu šestih kateder
Katedra za biokemijo
Katedra za botaniko in fiziologijo rastlin
Katedra za ekologijo in varstvo okolja
Katedra za fiziologijo, antropologijo in etologijo
Katedra za molekularno genetiko in biologijo mikroorganizmov
Katedra za zoologijo
Poleg tega na fakulteti delujejo še organizacijske skupine:
Delovna skupina za biološko izobraževanje
Center za čebelarstvo Biotehniške fakultete
Center za speleobiološke raziskave Univerze v Ljubljani Biotehniške fakultete v Postojnski jami
Tajništvo Oddelka za biologijo
V okviru Oddelka za biologijo delujejo tudi herbarij, zoološka in mikrobiološka zbirka, vse med najpomembnejšimi tovrstnimi zbirkami v Sloveniji, ter biološka knjižnica. Študentje biologije in sorodnih področij so organizirani v Društvo študentov biologije, ustanovljeno leta 1996.
