Opazovanja na Črnem Vrhu so se začela oktobra 1975, ko so bile posnete prve slike nočnega neba iz observatorija v Lomeh, ki je bil predhodnik današnjega. V letu 1976 so posneli slike kometa West. Trenutni observatorij je bil zgrajen leta 1985. Observatorij leži nad mejo temperaturne inverzije, kar omogoča nemotena opazovanja v mnogih jasnih nočeh.
Stanislav Matičič je 19. avgusta 2008 odkril komet C/2008 Q1 (Matičič).[2] To je prvi odkriti komet z observatorija in hkrati iz Slovenije. Poleg tega je to prvo odkritje kometa ljubiteljskega astronoma iz Evrope po letu 2002. Komet je bil odkrit z daljnogledom Cichocki. Sodelavec Observatorija in študent FMF Jan Vales je 16. aprila 2010 odkril periodični komet P/2010 H2 (Vales). Raziskovalci Catalina Sky Survey so opazovali isto področje neba 15 ur prej in svetlega telesa niso našli.[3][4][5]