Agen leži v jugozahodni Franciji ob desnem bregu reke Garone, med Toulousom (107 km) in Bordeauxom (132 km). Skozi mesto poteka vodni kanal Canal de Garonne, ki povezuje mesti Toulouse in Bordeaux in skupaj s Južnim kanalom tvori Canal des deux Mers (Kanal dveh morij - Sredozemskega in Atlantika). 3 km jugozahodno od mesta se nahaja njegovo letališče Agen - La Garenne.
Administracija
Agen je sedež petih kantonov:
Kanton Agen-Center (del občine Agen),
Kanton Agen-Jugovzhod (del občine Agen, občini Boé, Bon-Encontre),
Kraj je bil za časa rimske Galije glavno mesto keltskega plemenaNitiobrogov. V 4. stoletju je postal sedež škofije, v 11. stoletju pa je bila v njem povzdignjena katedrala sv. Capraisa. Med stoletno vojno je trikrat menjal vladarje, leta 1453 pa dokončno postal del Francije.