V roku 1850 sa stal sekretárom a archiváromnárodného múzea, no už v nasledujúcom roku na túto funkciu rezignoval a stal sa archivárom mesta Prahy. Dá sa povedať, že to bol práve Erben, kto pražský archív systematizoval. V roku 1867 sa zúčastnil Moskovskej výstavy. Ochorel na pľúcnu chorobu, neskôr aj tuberkulózu.
Tvorba
Venoval sa najmä poézii a zbieraniu ľudovej slovesnosti. Zbieral však ľudové piesne, porekadla, rozprávky a pod. iba z územia Čiech, ale nie Moravy (tam pôsobil hlavne František Sušil). Ťažisko svojho odborného záujmu Erben nachádzal v edíciách folklórnych materiálov, predovšetkým českých ľudových piesní. Porovnával ich varianty a vyhľadával medzi nimi text, ktorý najlepšie zodpovedá predpokladanému pôvodnému tvaru. Na piesne sa pozeral ako na spievané texty, preto sa zaujímal aj o nápevy, ktoré tiež vydával. Erben sa však neuspokojil iba s tým, že by ľudovú tvorbu zbieral; snažil sa ju kriticky skúmať, a tým ju aj ovplyvňovať. Napísal tiež vedecké pojednanie k legende o svätej Kataríne, Tomášovi Štítnom, J. A. Komenskom. Taktiež vydal niekoľko starších českých diel, podieľal sa na prekladoch Soudního a konkursního řádu a Občanského zákoníku.
Dielo
Poézia a ľudová slovesnosť
1865 – Sto prostonárodních pohádek a pověstí slovanských v nářečích původních, „slovanská čítanka“
1869 – Vybrané báje a pověsti národní jiných větví slovanských, „slovanská čítanka“ v skrátenej úprave a v českom preklade
1853 – Kytice z pověstí národních (rozšírené vydanie v roku 1861), jediná zbierka básni, ktorú vydal. Podkladom pre jej vznik boli staré české ľudové báje. Skladá sa z trinástich balád:
Kytice
Poklad
Svatební košile, vznik balady inšpirovala dnes už zaniknutá osada Byšičky
Polednice
Zlatý kolovrat
Štedrý den
Holoubek
Záhořovo lože
Vodník
Vrba
Lilie
Dceřina kletba
Věštkyně
1864 – Prostonárodní české písně a říkadla, päťdielna zbierka folklóru z Čiech. Toto dielo je veľmi ovplyvnené romantizmom, ten predpokladal, že ľudová slovesnosť je prejavom nedochovaného prastarého mýtu, ktorý vyjadruje akúsi národnú povahu (charakter). Tento mýtus mal vyjadrovať ucelený súbor predstáv o vzťahoch medzi ľuďmi navzájom a medzi ľuďmi a prírodou, a Erben sa tento mýtus pokúšal znovu zostaviť
Písně národní v Čechách, obsahuje 500 piesní
Mladší bratr, vlastenecké dielo
Večer, vlastenecké dielo
Tulák
Na hřbitově
Historické diela
Rukopis musejní letopisů Kosmových
Ondřej Puklice ze Vstruh
Příspěvky k dějepisu českému, sebrané ze starých letopisů ruských
Měsíčník hodin staročeských na Staroměstské radnici
Regesta diplomatica nec non epistolaria Bohemiae a Moraviae, výťahy listín Čiech a Moravy. Dielo sa zaoberá najstaršími českými a moravskými listinami do roku 1253, čiže do smrti Václava I. Je pravdepodobne Erbenovou najvýznamnejšou prácou z oblasti histórie