25. maja 1941. godine, po okupaciji Jugoslavije, general Bader je prešao u Beograd, gde je postao zapovednik 65. više komande za posebnu namenu, u rangu korpusa. Pod višom komandom bile su četiri divizije:
Prve tri bile su raspoređene na teritoriji Srbije, dok je 718. divizija raspoređena kao pomoć snagama NDH na njenoj teritoriji.
Nakon malo više od mesec dana što je postao komandant korpusa, Bader je dostigao najviše zvanje svoje vojne karijere, postajući general artiljerije 1. jula. Tokom leta i jeseni 1941. godine Baderov osnovni zadatak je bio borba protiv ustanka u Srbiji. Kao komandant više komande, Paul Bader je postao zamenik vojnog komandanta Srbije. Od 11. decembra 1941. je postao komandant svih jedinica Vermahta u Srbiji i glavni rukovodilac operacija protiv partizana.