Prvi bugarski hrišćanski vladar Mihailo-Boris korisno je upotrijebio misionarske sposobnosti i apostolsku revnost Klimentovu i Naumovu. On ih je poslao u zabačeni kraj Kutmičevicu, kod Ohridskog jezera, gdje je hrišćanstvo do tada, naročito u slovenskom elementu, imalo slabog uspjeha. Kliment i Naum razvili su tu odmah vrlo uspješan misionarski rad, i za kratko vrijeme, poučavajući narod, spremajući prosvjetne radnike i obavljajući bogosluženje na slovenskom jeziku, uspjeli su da organizuju prvu slovensku episkopiju za te krajeve. Za prvog episkopa postavljen je Kliment (oko 893. godine). On je kasnije s Naumom osnovao i prve poznate manastire u tom kraju, jedan na sjevernoj (Sv. Kliment), a drugi na južnoj obali Ohridskoga Jezera (Sv. Naum). Ova episkopija, kao i druge kasnije osnovane slovenske episkopije u granicama ondašnje bugarske države, potčinjena je bila autokefalnom arhiepiskopu i patrijarhu bugarske crkve, koji je isprva stanovao u Velikoj Preslavi, a zatim u Dorostolu (danas Silistrija).
Razdoblje Samuilove države
Poslije uništenja Prvog bugarskog carstva (971. ili 972) došle su pod vlast vizantijskog cara Ivana Cimiska i sve oblasti Makedonije. U isto vrijeme je i sva pravoslavna slovenska crkva u njima došla pod vrhovnu vlast grčkog carigradskog patrijarha. Ali, uskoro poslije Cimiskove smrti (976) pošlo je za rukom makedonskom vladaru Samuilu, da od Makedonije, Arbanije i sjevernih srpskih zemalja osnuje veliko slovensko carstvo, koje se više od četiri decenija (do 1018) uspješno opiralo vizantijskoj prevlasti. Samuilo je podigao i samostalnu slovensku crkvu za svoje oblasti. Predstavnici te crkve, kao i carevine, isticali su težnju da naslijede cijelu bugarsku crkvu i carevinu, pa su zato i svoju crkvu i carevinu nazivali bugarskim imenom. Sjedište crkvenog starješine, koji se nazivao patrijarhom, bilo je isprva u Vodenu i Meglenu, a za tim u Maloj Prespi, na otoku Ahilu, gdje se i danas vide impozantne razvaline katedrale, velike crkve. U taj hram Samuilo je 983. poslije jednog uspješnog pohoda protiv Vizantijaca prenio iz grada LarisemoštiSv. Ahilija, svetitelja iz 4 vijeka, koji je smatran kao zaštitnik Larise. Nešto kasnije, sjedište slovenske arhiepiskopije postao je Ohrid, grad Sv. Klimenta, čiji je kult i značaj trebao da bude od velike pomoći novoj crkvenoj organizaciji u njenoj misiji među SlovenimaSamuilove države. Samuilo je umro 1014, a njegova državna tvorevina propala je već četiri godine poslije njegove smrti. Vizantijski car Vasilije II. uništio je njegovo carstvo 1018. Ali Samuilova crkvena organizacija, pod imenom O. A., uspjela je da se održi i poslije toga punih sedam i po vjekova (do 1767), pod raznim državnim gospodarima, Grcima, Bugarima, Srbima i Turcima. Ima i drugih mišljenja o tome da li su Ohridski arhiepiskopi i patrijarh želeli da načine kontinuitet sa bugarskom crkvom Naime, posmatrano eklisiološki, samo prisustvo bugarskog patrijarha u Prespi i Ohridu, što neki tumače kao da je ohridska crkvena jerarhija imala želju za kontinuitetom Ohridske arhiepiskopije sa Bugarskom patrijaršijom (koju je ukinuo Samuilo), nisu nikakvi dokazi da je i Ohridska arhiepiskopija bila kontinuitet bugarske dorostolske Patrijaršije. Šta više, takvo sagledavanje crkvenih prilika u datoj crkvenoj jedinici potpuno je strano pravoslavnoj vjeri o uređenju Crkve, tzv. eklisiologiji. Sa druge strane, u Vizantiji-Romeji bio je uvrežen običaj da se podanici neke države imenuju u skladu sa imenom države u kojoj se nalaze, pa tako, vizantijski-romejski hroničari nazivaju svakog podanika Romeje Romejom, bez obzira kojoj isti narodnosti pripada. Na primer, jedan Etipoljanin pravoslavne vjere bio bi imenovan u nekom vizantijskom-romejskom zvaničnom dokumentu Romejom, a ne Etiopljaninom, samo iz te činjenice što je on podanik romejskog carstva! Po istoj analogiji, vizantijski hroničari koji su pisali o Samuilu nazivaju ga bugarskim carem i narod u njegovoj državi bugarskim stoga što je od zavladao teritorijom koja je za Romeje tj. Vizantijce bila poznata kao Bugarska jer je pre Samuila ta teritorija bila sastavni deo bugarskog carstva.
Car Vasilije II uništivši Samuilovu državu i ukinuo autokefalnost slovenske crkve. Oduzeo joj je naslov patrijaršije, nazvao je arhiepiskopijom i za postavljanje njenih arhiepiskopa osigurao je glavna prava vizantijskim carevima i carigradskim patrijarsima. Dokaz ukidanja autokefalnosti je da je car Vasilije za prvog ohridskog arhiepiskopa pod vizantijskom vlašću postavio domaćeg čovjeka Bugarina, Jovana Debranina, i poveljom od 1019. dao mu je pod upravu sve eparhije, koje su bile u sastavu Samuilove države, a dvjema drugim poveljama od 1020. proširio je jurisdikciju O. A. i na oblasti, koje su bile pod bugarskom vlašću za careva Simeona i Petra.
Eparhije Ohridske arhiepiskopije
Prema tim poveljama u sastav O. A. imalo je da uđe 31 eparhija i to: 1. Ohridska, sa Prespom, Mokrom i Kičevom. 2. Kosturska, sa Koricom, Kolonjom, Vojušom, Morom i Devolom. 3. Glavenička, sa Kaninom i Neaničkom. 4. Meglenska, sa Prošekom, Morihovom, Setinom, Ostrovom i Zaodrinom. 5. Bitoljska, sa Pelagonijom, Prilepom, Debrom i Velesom. 6. Strumička, sa Radovištem i Končom. 7. Morozvizdska, sa Kozjakom, Slavištem, Zletovom, Lukovicom, Pijanecom i Maleševom. 8. Velbuždska, sa Suteskim, Germanijom, Terimerom, Stobijem, Donjim Suteskim i Razlogom. 9. Sredačka (Sofijska), sa Pernikom, Sukovom i Znepoljem. 10. Niška, sa Mokrim, Koblosom, Toplicom i Svrljigom. 11. Braničevska, sa Moravskim, Smederevom, Grockom, Divisištem, Istaglanda (?) i Brodariskom. 12. Beogradska, sa Gradecom, Omčom, Glaventinom i Belom Crkvom. 13. Srijemska. 14. Skopska, sa Vinecem, Preamorom, Lukovom i Prilipom. 15. Prizrenska, sa Hvosnom, Leskovcem i Bretos (?). 16. Lipljanska na Kosovu. 17. Srbička, jugozapadno od Soluna. 18. Drstarska (Silistrija?). 19. Vidinska. 20. Raška. 21. Oroška, zapadno od Prizrena. 22. Černička u oblasti Drača. 23. Himerska, u Arbaniji sjeverno od Krfa. 24. Drinopoljska, u Arbaniji blizu Argirokastra. 25. Velska, južno od Drinopoljske. 26. Vutronska, u južnoj Arbaniji niže luke Santi Quaranta. 27. Janinska u Epiru. 28. Kozilska. 29. Petrska i 30. Staška ti Tesaliji, te najzad 31. Berska ili Verijska, zapadno od Soluna.
Ohridski arhiepiskopi mogli su samo kratko vrijeme održati ovako velik broj eparhija pod svojom vlašću i za vrijeme vizantijske vladavine u tim oblastima. Prije svega, mitropolit Drača ubrzo je uspio, da pod svoju jurisdikciju vrati sve arbanaške eparhije, a mitropolitiCarigradske patrijaršije u Epiru, Tesaliji i južnoj Makedoniji prisvojili su sebi susjedne eparhije. Tako su od gore navedenih eparhija u 12 vijeku ostale pod upravom O. A. samo prvih šesnaest, zatim vidinska i raška. Uz to je osnovano šest novih eparhija, većinom odvajanjem od starih, tako da je O. A. tokom 12 vijeka imala 24 eparhije. Nove su bile: Debarska iz Ohridske, Devolska ili Selaforska iz Kosturske, Grebenska više Krbice, Kaninska iz Glaveničke, Slanička oko Jenidže Vardara i Brenotska za Vlahe i hrišćanske Turke Vardariote.
Razdoblje Srpske države
S opadanjem vizantijske snage, od kraja 12 vijeka, sužavale su se i granice O. A. uporedo s osvajanjima srpskih, bugarskih i drugih vladalaca na račun Vizantije. Obnovljeno bugarsko carstvo prisajedinilo je odmah vidinsku, sofijsku i druge susjedne eparhije novoosnovanoj Trnovskoj arhiepiskopiji, kasnijoj patrijaršiji. Srpski kraljevi iz loze Nemanjića, pošto je 1219. osnovana autokefalna Žička, kasnije Pećka arhiepiskopija i patrijaršija, podvrgavali su postepeno, prema širenju srpskih državnih granica, pod svoju državnu crkvu sve eparhije O. A. nekad Strumice, Prilepa i Ohrida. Tako je O. A. krajem 13 vijeka ostalo samo 11 eparhija: ohridska, kosturska, devolska, glavenička, kaninska, pelagonijska, me-glenska, slanička, grebenska, strumička i vlaška. Te su joj eparhije ostale i dalje, kroz sve vjekove opstanka O. A., glavni sastavni dijelovi.
Kada je kralj Dušan postao gospodar Ohrida (1334) i svih oblasti, koje su tada činile O. A., on ne samo da nije ukinuo O. A., već joj je ostavio autokefalnost, i po svoj prilici prisajedinio i sve eparhije, koje je osvojio na jugu i zapadu Ohrida, po Makedoniji, Tesaliji, Epiru i Arbaniji, jer su to, uglavnom, bile eparhije, koje su i ranije pripadale jurisdikciji O. A. Za vlade kralja Vukašina i njegovog brata Uglješe (1366—1371), izgleda da su pod vrhovnu duhovnu vlast O. A. podvrgnute čak i stare eparhije: sereska, dramska, hristopoljska (kavalska) i druge, koje su za vrijeme Dušana bile potčinjene pećkom patrijarhu.
Otomanski period
Područje O. A. prešlo je iz srpskih ruku u turske ruke. O. A. bila je prva autokefalna pravoslavna crkva na Balkanu, koja je u cjelini došla pod tursku vlast. Turci su priznali zatečeno stanje, i O. A. je, sporedno sa širenjem granica turske države, širila i svoju crkvu na štetu carigradske i trnovske, a naročito na štetu Pećke patrijaršije. Granice O. A. tokom 15 i u prvoj polovini 16 vijeka zauzimale su najveće dimenzije. Tada je O. A. imala pod svojom vrhovnom upravom ne samo sve svoje stare eparhije po Makedoniji i Albaniji, Južnoj i Sjevernoj Srbiji, nego i po Moldaviji i Vlaškoj, po Dalmaciji, Bosni, Hercegovini i Crnoj Gori, pa čak i po južnoj Italiji, Malti i Siciliji. Poslije pada srpske državne samostalnosti (1459) gubi se trag srpskim patrijarsima, i ohridski arhiepiskopi, koji su već i dotle uspjeli da podvrgnu pod svoju vlast mnoge srpske eparhije, koje su ranije bile došle pod tursku vlast, uspjeli su da postepeno protegnu svoju vlast i na cijeli teritorij bivše Pećke patrijaršije.
U četvrtoj i petoj deceniji 16 vijeka pokušavao je smederevski episkop Pavle, da se odupre toj prevlasti O. A., i da obnovi autokefalnost Pećke patrijaršije. On to nije uspio, ali uskoro poslije njega (1557) uspio je to da izvede Makarije, rođak velikoga veziraMehmeda Sokolovića. Tada su sve srpske eparhije iznad Strumice, Velesa, Kičeva i Debra oduzete od O. A. i ponovno ušle u sastav obnovljene Pećke patrijaršije. Nad mitropolijom Moldavskom i Vlaškom O. A. vršila je jurisdikciju neko vrijeme poslije 1439, pošto je carigradska jerarhija primila uniju s Rimom. Ta je zavisnost bila više nominalna i za Moldavsku, izgleda, vrijedila je do polovine 17 vijeka.
Od prvih decenija 16 vijeka, pa do kraja toga vijeka, O. A. imala je pod svojom vrhovnom duhovnom vlašću i starije i novije pravoslavne grčke i arbanaške koloniste u južnoj Italiji, po Apuliji, Kalabriji, Basilikatu, Siciliji, Malti i Dalmaciji. Episkop italski, sa naslovom mitropolita i egzarha, bio je jedan od južno arbanaških episkopa, koga je arhiepiskop ohridski sa svojim sinodom na taj položaj postavljao. Ta duhovna zavisnost pravoslavnih kolonista u Italiji od O. A. trajala je samo do pape Siksta V. (1585—1590), koji je koloniste prisilio na uniju, a pravoslavnom mitropolitu zabranio pristup Grcima i Arbanasima u Italiji.
Poslije obnovljenja Pećke patrijaršije (1557) O. A. vraćena je, uglavnom, u svoje granice iz 13—14 vijeka. Tako umanjena ona je morala pristupiti novoj organizaciji svojih eparhija, i definitivno ju je izvela do polovine 17. vijeka. Prva eparhija O. A., koja je dobila ime mitropolija, bila je prvoprijestolna eparhija kosturska. Tokom 16 i 17 vijeka, po uzoru na uvedeni običaj u Carigradskoj patrijaršiji, dobile su taj naslov i druge eparhije. Tako je od 14 eparhija, koje su ostale O. A. do njenog konačnog ukidanja (1767) njih 9 nosilo naziv mitropolije (kosturska, pelagonijsko-bitoljska, strumička, koričko-selasforska, beogradsko-elbasanska, vodenska, dračka, grebenska i sisanijska), a 5 naziv episkopija (meglenska, debarsko-kičevska, veleška, prespanska i goro-mokrenska u Drim-kolu).
