Dve godine nakon kongresa Frunze postaje jedan od glavnih organizatora revolucije 1905. vodeći štrajkovni val tekstilne industrije u Šuji i Ivanovu. Nakon ugušenja revolucije, Frunze je bio uhapšen i osuđen na smrt. Kazna je promenjena u prisilni rad u Sibiru. Nakon deset godina u Sibiru pobjegao je u Čitu, gde je postao urednik boljševičkog nedeljnika Vostočno Obrozenie (Istočni zbornik).
Tokom februarske revolucije 1917. bio je načelnik revolucionarnih milicija u Minsku i kasnije postaje predsednik bjeloruskog sovjeta. U oktobarskom delu revolucije 1917. otputovao je u Moskvu gde je vodio oružane radnike u borbi za kontrolu grada.
Godine 1918. postaje vojni komisar Voznesenske provincije, u koje vreme je počeo i ruski građanski rat. Tada je imenovan i vođom Armije Jug. Kod Omska je pobedio belu gardu poznatog admirala Aleksandra Kolčaka. Vrhovni komandant Crvene armije Lav Trocki mu nakon toga dodeljuje komandu Istočnog fronta. Frunze je nastavio sa bojem protiv bele garde i Basmačkih pobunjenika u rodnom Turkmenistanu. Pri tome je osvojio februara Kivu i septembra Buharu. U novembru 1920. osvojio je Krim i odbacio je generala Petra Vrangela izvan granica Rusije. Takođe je ugušio anarhističke (pod Nestorom Mahnoom) i nacionalističke pokrete (Simona Petljure) u Ukrajini, a kasnije će pomagati i Tursku u njenom ratu za nezavisnost.
Na spomeniku Turskog oslobođenja Frunze je prikazan desno od Ataturka
Godine 1921. izabran je u Centralni komitet ruske boljševičke partije, a nakon smjene Trockog 1925. postaje predsednik Revolucionarnog vojnog sovjeta (ministarstva obrane) iako nije spada u bliski krug Staljinovih prijatelja.[1]
Umro je 31. oktobra 1925. tokom operacije stomaka. Gotovo odmah nakon Frunzeove smrti pojavile su se teorije da ga je ubio Trocki ili Staljin [2] s tim da će ovu drugu teoriju popularizirati sovjetski pisac Boris Piljnjak u svom delu "Повесть непогашенной луны" iz 1926. godine.
Sahranjen je u moskovskoj kremaljskoj nekropoli.
Frunzeova ostavština
Ime Frunze je postalo sinonim boljševika i kasnije komunističkog Sovjetskog Saveza. Po njemu je imenovano mnoštvo ulica, ustanova pa i grad.
1926. Biškek u Kirgistanu je njemu u čast preimenovan u Frunze (pod tim imenom ostao je do raspada Sovjetskog Saveza 1991). Njegovo ime nosi tamošnji muzej.
Još poznatija je bila slavna vojna akademija Frunze, koju su pohađale poznate vojne ličnosti iz narednih ratova. Takođe je po njemu imenovana druga divizija sovjetske Crvene Armije. Po njemu je imenovana i metro stanica moskovskog metroa - Frunzenskaja.
