Kratko tandemno ponavljanje

Kratko tandemno ponavljanje (STR, mikrosatelit) se javlja u nekodirajućem regionu DNK kad se obrazac sa dva ili više nukleotida ponavlja i kad su ponavljajuće sekvence direktno jedna pored druge. Dužina pojedinačnog ponavljanja može da varira u opsegu od 2 do 5 baznih parova (bp) (na primer (CATG)_n u genomskom regionu) i tipično se nalaze u intronima. Polimorfizam kratkih tandemnih ponavljanja (STRP) se javlja kad se homologni STR lokusi razlikuju po broju ponavljanja između pojedinaca. Putem identifikovanja ponavljanja u specifičnoj sekvenci na specifičnim lokacijama genoma, moguće je kreirati genetički profil osobe. Veliki broj STR sekvenci ljudskog genoma je poznat. STR analiza je postala preovladavajući metod analize za određivanje genetičkih profila u forenzičkim slučajevima.

Forenzička analiza

Parcijalni humani STR profil proizveden korošćenjem identifikacionog pripora kompanije Aplajd biosistemi

STR analiza je relativno nova tehnologija u polju forenzike, koja je zadobila popularnost tokom 1990-tih. Ona se koriti za uzimanje genetičkih otisaka prstiju pojedinaca. STR sekvence koje se korite u forenzičkoj analizi su tetra- ili penta-nukleotidna ponavljanja (4 ili 5 ponavljajućih nukleotida), jer ona daju pouzdane podatke i jer su dovoljno robusna da prežive degradaciju u neidealanim uslovima. Kraća ponavljanja sekvence mogu da budu posledica laboratorijskih artifakata, kao i činjenice da je nekoliko genetičkih bolesti asocirano sa trinukleotidnim ponavljanjima, npr. Hantingtonova bolest. Duže ponavljajuće sekvence su podložnije degradaciji i teže se pojačavaju primenom PCRa, slično kraćim sekvencama.^[1]

Analiza se izvodi ekstrahovanjem DNK iz jedra ćelija u forenzičkom uzorku. Zatim se pojačavaju specifični polimorfni regioni DNK primenom polimerazne lančane reakcija. Nakon amplifikacije tih sekvenci, one se razdvajaju bilo putem gel elektroforeze ili kapilarne elektroforeze, koja omogućava određivanje broja ponavljanja u STR sekvenci.^[2][3][4]

Reference

1. Angel Carracedo. „DNA Profiling”. Arhivirano iz originala na datum 2001-09-27. Pristupljeno 20. 09. 2010. 
2. „Technology for Resolving STR Alleles”. Pristupljeno 20. 09. 2010. 
3. Antin JH, Childs R, Filipovich AH, et al. (2001). „Establishment of complete and mixed donor chimerism after allogeneic lymphohematopoietic transplantation: recommendations from a workshop at the 2001 Tandem Meetings of the International Bone Marrow Transplant Registry and the American Society of Blood and Marrow Transplantation”. Biol. Blood Marrow Transplant. 7 (9): 473–85. DOI:10.1053/bbmt.2001.v7.pm11669214. PMID 11669214. 
4. John M. Butler, Forensic DNA Typing: Biology, Technology, and Genetics of STR Markers, Second Edition, Academic Press, 2005.

Vanjske veze

• Baza podataka frekvencija ljudskih STR alela Arhivirano 2009-07-13 na Wayback Machine-u
• Y-DNK testiranje