U svom srednjem toku formira prirodnu granicu između Ukrajine i Moldove, nakon toga teče kroz Moldovu u dužini od 398 km, dijeleći tako Moldovu od Pridnjestrovlja. Nakon toga Dnjester je ponovno granična rijeka između Ukrajine i Moldove. Dnjestar se ulijeva u Crno more , pored grada Odese, na ušću formira - estuarij - Dnjestarski liman (jezero na ušću u more, jer mu je protok blokiran sedimentima).
U svom donjem toku, desna obala Dnjestra je brdovita i viša od niske lijeve obale koju često plavi za jesenskih i proljetnih kiša.
Grci su rijeku zvali Tiras (starogrčki: Τύρας) prema skitskom imenu rijeke - Tiras što je značilo Brza. U kasnijem periodu počeli su je zvati Danastris ili Danastus, po sarmatskom imenu rijeke - Danu nazdja, što je značilo Bliska rijeka.